透過モードは、メディアコンバータを2台一組
で使用し、シリアルポート←→弊社機器←→LAN←→弊社機器←→シリアルポート
といった接続で、LANを用いたケーブル延長のイメージで使用するモードです。
仮想COMモードは、弊社機器をパソコンの増設COMポートのように見せて使用するモードで、弊社機器を1台でシリアルポート１口としてい使用するモードです。
各モードの詳細は以下リンクを参照してください。
仮想COMモードの概要
透過モードの概要