例えば、ループ内で指定個数のサンプリング完了を待機するようなアプリケーションの場合、何らかの原因でサンプリングが停止してしまうと、ループから抜けてこないことが考えられます。
このような問題は、ループ内で「状態」VIを利用してサンプリング動作中だけループを継続したり、一定時間でループを抜けるようにすることで回避できます。
サンプルVI(SamplingAi.vi等)の処理をご参考ください。
上記のようなループ処理が存在しないアプリケーションがフリーズする場合には、別の要因と考えられます。
原因の切り分けとして、サンプルVIを実行してもフリーズが起こるかどうか、お試しください。